本病的诊断通常用1984年修订的纽约标准：（1）临床标准：①腰痛晨僵三个月以上，活动时改善，休息无改善；②腰椎额状面和矢状面活动受限；③胸廓活动度低于相应年龄、性别的正常人。（2）放射学标准：双侧骶髂关节炎≥2级或单侧骶骼关节炎3-4级。（3）分级：①符合放射学标准和1项以上临床标准可肯定为强直性脊柱炎。②符合三项临床标准，或符合放射学标准而不具备任何临床标准（应除外其它原因所致骶髂关节炎），则可能为强直性脊柱炎。 但由于本病在早期及特殊人群发病时的症状往往不够典型，按照该标准往往难以诊断。如幼年发病多是先累及外周关节，尤其是以不对称的下肢关节为主，常在发病的1年后才出现中轴关节受累。在发病早期常常被诊断为“滑膜炎”、“生长痛”或“幼年类风湿关节炎”等。40岁以后发病者及女性患者临床症状常常也不典型，常见腰酸背痛，颈部不适，中轴关节很少或没有受累，外周关节受累少且症状轻及非特异性。早期可有因腰痛被诊断为“腰肌劳损”、“腰椎间盘突出症”或“坐骨神经痛”等，女性患者还常被诊断为“致密性骨炎”等。而造成误诊、漏诊的原因主要是医生对本病认识不够，多关注其中轴症状，而忽视其外周关节及关节外表现。当患者以外周关节或关节外症状为首发表现时，则容易漏诊本病，反而可能把其他引起中轴关节症状的疾病误诊为强直性脊柱炎。此外，临床医师缺乏相关影像学知识，未能及时或正确的做影像学检查，也是误诊、漏诊的原因之一。

临床中按照1984年修订的纽约标准，大多数病人在出现临床症状5～10年才被诊断为强直性脊柱炎，往往已经不是疾病的早期阶段，导致失去早期治疗、控制病情、降低致残率的最佳时机。因此，早期诊断尤为重要。

为了满足临床需求，国际脊柱关节病研究协会通过专家共识以及前瞻性的国际合作研究检验，于2009年发布了中轴型脊柱关节病的新分类标准。新的分类标准在一定程度上有利于强直性脊柱炎的早期诊断。按照该标准，腰背痛3个月以上、起病年龄＜45岁者，由X线或MRI证实的骶髂关节炎加至少1条以下表现，或HLA-B₂₇阳性加至少2条其他以下表现，80%以上可能为强直性脊柱炎。这些表现包括：①炎性腰背痛；②关节炎；③肌腱炎（足跟）；④眼色素膜炎；⑤指/趾炎；⑥银屑病皮疹；⑦克罗恩病/溃疡性结肠炎；⑧对非甾体类抗炎药反应好；⑨脊柱关节病家族史；⑩HLA- B